20世纪90年代初，日本政府秘密进行了人体进化实验。他们通过不同的方式向两组实验儿童体内移入动物或昆虫的基因，以使他们获得超长的能力。与之相对，这些孩子必须面临成年后身体崩溃的厄运。二十年后，荏碕昴（冈田将生 饰）和沙耶（成海璃子 饰）、亘（白石隼也 饰）、隆二（濑户利树 饰）、良介（清水寻也 饰）

为了保护人类免受未知的电脑病毒“崩源体病毒感染症”的感染与危害，假面骑士Ex-Aid（饭岛宽骑 配音）与来自电脑网络的敌人持续展开战斗。这一日，脱胎自经典电脑游戏《吃豆人》的游戏病毒生命体“吃豆人”突然袭来，人类世界陷入空前的危机。令人意想不到的是，该病毒危害性极其之大，甚至假面骑士Ghost的本体