在遥远的未来，一个说不定是被称作为地球也不一定的惑星，有一群全身机械化的武士们在那儿长期的战斗。当大地化为焦土，战争终告终结。人们再次耕种稻田，生产出不至于让生活有困难的数量的米。位于被群山环绕受到湿润气候恩惠的“钪纳村”也正在从战争的伤害中重新站起来，受惠于盛产的稻米。但是村里的人们却不能因为米量

　　小学生小晴与未婚妈妈维达两个人快乐地住在热带雨林里，过着简单而欢乐的生活。一天，酒醉夜归的维达带回来一个美丽的小女孩，她叫阿布。本以为将更加快乐的生活，却在第二天开始了翻天覆地的改变。小晴发现，昨晚的阿布完全是伪装出来的。实际上，阿布不仅脾气古怪，爱捉弄小晴，并且还有一个什么都能吞噬的胃。而小晴

　　在睡梦中，大空看到很奇怪的景象，但一觉醒来，却发现自己要迟到了······于是大空骑车飞奔回校，不幸吃了一球，和萩原大介撞在一起······幸得麻衣子相救，大空才躲过被揍的厄运。教室里，麻衣子通过利诱和恐吓，逼使大空放学跟她一起走······放学后，麻衣子为了让大空改掉半途而废的坏习惯，带了他到

由于丈夫的自私，天女瑟蕾丝（岩男润子 配音）含冤而死。死前瑟蕾丝立下诅咒，总有一天要通过御景家的血液重生，向御景家寻仇。胆小的御景家设立了一个仪式，他们决定将所有带有天女血统的子孙在十六岁生日那天赶尽杀绝。十六岁的御景妖（嘉数由美 配音）不幸的继承了天女的血统，而她的哥哥御景明（千叶进步），居然就是

　　国立爱丽丝研究机关学园本部不同于一般的学园，只招收具备特殊能力的学生，这种能力被称之为“爱丽丝”。因为好友今井萤（钉宫理惠 配音）转学从乡间来到了城里的爱丽丝学园，无论如何也不想和萤分开的佐仓蜜柑（植村加奈 配音）因此离家出走，跟随萤来到了学园。但没有超能力的她根本无法进入，被学院老师鸣海先生（

　　主人公は画家になることを夢見ていたが、とある挫折をきっかけに夢を諦め、撫子学園の美術教師となる。好きな事を好きと素直に思えない苦悩を抱えつつ、どうにもならない現状に流され続けていく毎日。そんな教師2年目となった主人公の元に従兄妹のエリスが特待生として撫子学園に入学、主人公と同居することになった他

在WRGP大赛中打败了新世界队的5D's队，原以为可以阻止圣柜摇篮的坠落，没想到历史出现变动，造成了圣柜摇篮在现实中出现并且下坠，游星等人决定前往阻止Z-ONE等人毁灭新童实野市的计划。在决斗中，乌鸦与秋成功拯救了被过去束缚的雪莉；为了守护同伴而赌上性命的龙亚作为最后一位龙印者觉醒，召唤出了

与暗印人的战斗过了半年，连接卫星区和都市区的桥梁“代达洛斯桥”完成，彼此之间的界线终于消失了。全市建造了大量专为骑乘决斗而设的高速公路，并开发了“激速世界2”以取代以前的“激速世界”。然而，新的威胁已悄然来临，来自未来并持有强力怪兽·机皇帝的“伊利亚斯特尔”，企图毁灭新童实野市并改变历史。为了阻止他

游星等人终于发现，原来幸运杯是葛德温为了集合龙印者，并使他们的力量觉醒所举办的。另一方面在卫星区，一群名为“暗印人”的决斗者已经蠢蠢欲动，这正与游星和杰克两人在进行决斗时所看到的蜘蛛印记有关。暗印人能够展开令决斗者受到真实伤害的“黑暗决斗”，以及使用名为“黑暗同調”的新战法召唤出独特的黑暗同調怪兽，

本作以武藤游戏所在的DM时代数十年后的童实野市为舞台。这个时代的童实野市被称为“新童实野市”，是一个根据身份高低分为上层地带和下层地带的阶级社会，骑乘着摩托型决斗盘“D轮”进行的“骑乘决斗（Riding Duel）”十分流行。在新童实野市的下层地带“卫星（Satellite）”中与同伴们一起生活的不